Profesor Ivan Wilhelm zastává roli zmocněnce vlády ČR pro evropský výzkum od roku 2006. Během více jak 10 let svého působení v pozici vládního zmocněnce se profesor Wilhelm účastní jednání Rady pro konkurenceschopnost zasedající ve formaci ministrů odpovědných za agendu výzkumu. Působí jako zástupce ČR v řídících orgánech řady mezinárodních výzkumných infrastruktur, zejména ESS (European Spallation Source) a ELI (Extreme Light Infrastructure). V neposlední řadě reprezentuje ČR na množství jednání konaných pod organizační záštitou Evropské komise k rozvoji Evropského výzkumného prostoru, rámcovým programům EU pro výzkum, vývoj a inovace či makro-regionálním a bilaterálním spolupracím ČR ve výzkumu a vývoji.