Program EMPIR je realizovaný na základě čl. 185 Smlouvy o fungování EU. Jeho koordinace probíhá v rámci asociace EURAMET (European Association of National Metrology Institutes), jejímž členem je ČMI od roku 1996. EURAMET sdružuje celkem 38 národních metrologických institutů. Hlavní nástroj jejich spolupráce představují právě projekty EMPIR, jež se zabývají výzkumem, vývojem a inovacemi v oblasti metrologie a uplatňování jejich výsledků v široké škále aplikačních odvětví. Čtrnáct projektů, které budou MŠMT podporovány v letech 2019 až 2022, se zaměří na oblasti zdraví, normo-tvorby v metrologii a mezinárodní soustavu jednotek.
MŠMT se jako národní poskytovatel v ČR programu EMPIR účastní dlouhodobě a každoročně alokuje na financování mezinárodních projektů EMPIR prostředky ve výši 1 mil. EUR. Podporou úspěšných projektů MŠMT ve spolupráci s ČMI podstatným způsobem přispívá k naplňování strategických cílů, jež česká metrologie v mezinárodní spolupráci sleduje a jež vyplývají z členství ČR v EU a v evropských metrologických orgánech a organizacích a z mezinárodních smluv a ujednání, jichž je ČR signatářem.